Правление его представляло сплошной ряд войн с Венгрией, Польшей, Венецией и Персией. Шедшие с переменным успехом, эти войны содействовали усилению османского могущества. Баязету II пришлось обнажить меч и против своего родного брата Джема, оспаривавшего у него престол при поддержке Египта. В феврале 1495 г. султан приказал отравить Джема.

Последние годы царствования Баязета II вызывали неоднократные смуты, порожденные соперничеством его сыновей из-за престолонаследия. Принужденный уступить меньшему своему сыну Селиму, которого поддерживали янычары, Баязет II отрекся от престола в его пользу. Он был отравлен и умер недалеко от Андрианополя 18 апреля 1512 г.

Баязет был другом дервишей и имел большое пристрастие к блеску и роскоши. Им были построены и украшены многие мечети в Константинополе и Андрианополе.