Жил сначала в Турции в качестве аманата, позже удалился в дервишский монастырь в Бурсе, отчего потом получил прозвище «хана из дервишей». Когда старший брат — крымский хан Мухаммед-Гирей II Жирный — отказался повиноваться султанским предписаниям и осадил Кафу, Ислам-Гирей II с помощью турецкого воинского отряда занял ханский стол.

Его правление (1584– 1588 гг.) было ознаменовано кровопролитной борьбой с сыном Мухаммед-Гирея — Сечадер-Гиреем, который, найдя помощь у ногайцев, успел выгнать Ислам-Гирея II из Бахчисарая и захватил ханский престол, но затем должен был бежать. Держась на престоле исключительно с помощью турок, Ислам-Гирей II , в противоположность своему предшественнику, вел себя по отношению к Стамбулу крайне покорно и униженно, введя, между прочим, обычай, по которому на общественной молитве имя султана стало поминаться впереди имени хана.