Наследовал отцу в 8-летнем возрасте, коронован в аббатстве Келсо (Роксбургшир, Шотландия). Во время его малолетства страной фактически управляли до 1463 г. мать и Джеймс Кеннеди епископ Сент-Эндрюсский, затем до 1469 г. семья Бойдов Килмарнокских. Взял на себя управление страной после женитьбы на дочери датского короля, за которой он получил в приданое Шетландские и Оркнейские острова. После свадьбы между ним и Бойдами вспыхнул конфликт. Принудил Томаса Бойда бежать из Шотландии, другого члена семьи Бойдов казнил. Так же как и отец, оказался перед проблемой восстановления сильной королевской власти после долгого периода регентства. Намеренно оскорблял знать своим интересом к искусствам и приближением к себе художников. Находился в постоянной борьбе со своими двумя братьями Александром Стюартом герцогом Олбени и Джоном Стюартом графом Маром, которых он арестовал в 1479 г. по обвинению в измене.

Джон умер в 1479 г. при подозрительных обстоятельствах в Эдинбурге. Александру удалось бежать в Англию, где Эдуард IV146170 король Англии признал его законным королем Шотландии Александром IV. В 1482 г. Александр Стюарт вторгся с английскими войсками в Шотландию. Во время вторжения оппозиционно настроенная знать повесила королевских фаворитов и арестовала короля. Джеймс был вынужден вернуть Александру все его домены. К марту 1483 г. Джеймсу удалось собрать достаточно войск, чтобы изгнать Александра, бежавшего во Францию и умершего в ссылке.

В 1488 г. две могущественные пограничные семьи, Хоумсы и Хэпберны, подняли восстание против короля, на их сторону встал 15-летний наследник престола, будущий король Джеймс IV Шотландский. В 1488 г. Джеймс встретился с армией, собранной бунтовщиками, в битве при Сочиберне (Стирлинг, Шотландия), где был разбит. Предательски схвачен и убит в Миллтауне после битвы. Личность убийцы, изображавшего священника, чтобы приблизиться к королю, так и не была установлена. Похоронен в Кембаскеннстском аббатстве (Стирлингшир, Шотландия). Непопулярный и неумелый правитель, он был человеком нерешительным, но склонным спорить по любому поводу. Говорят также о его бисексуальных наклонностях. Его интересы лежали в основном в области строительства, торговли и денежного обращения, поэзии, музыки и астрологии. При нем началось регулярное ведение записей шотландского парламента.