В ходе войны Магон был правой рукой своего брата, принимал участие в основных сражениях — Треббия218 г. до н.э., Канны216 г. до н.э..

Большей частью Магон выполнял политические задачи, поставленные перед ним Ганнибалом227183 гг. до н.э.. В качестве посланника брата добивался от карфагенского сената отправления в Италию людей и денег. Кроме того, Магон был послан Ганнибалом для объединения италийских общин в новый союз, направленный против Рима. Так было в 216 г. до н. э. после сражения при Каннах.

После возвращения Гасдрубала из Карфагена с нумидийским войском Магон был отправлен в Испанию на помощь своему брату. Во главе одной из трех армий он участвовал в сражении против римлян на реке Эбро, в ходе которого армия под командованием Сципионов была наголову разбита. После поражения Гасдрубала Барки в сражении на реке Бекуле Магон вместе с остальными пунийскими войсками ушел на соединение с Ганнибалом. После гибели Гасдрубала в сражении при Метавре Магон остался последней надеждой своего знаменитого брата, который попытался с его помощью не допустить высадки Сципиона в Африке.

Летом 205 г. до н. э. Магон со значительной частью войска высадился в Лигурии. Местные жители — этруски и галлы — прислали послов к брату Ганнибала и обещали выставить ему на помощь свое войско. Однако приведенных ими войск было недостаточно для нового похода на Рим, а сам Ганибал имел их еще в меньшем количестве и к тому же не располагал поддержкой среди населения Апеннинского полуострова.

Несмотря на нахождение на территории галлов и этрусков римских военных лагерей они все же обязались в продолжение двух месяцев поставить свою армию на помощь Магону . А пока они тайно снабжали его войска продовольствием и поставляли в них воинов. Немалую роль в удержании этрусков и галлов от открытого выступления сыграл террор римского военного трибунала, проводившийся против любого, кто мог попасть под подозрение за связь с пунийцами.

После высадки весной 203 г. до н.э. войска Сципиона в Африке карфагенский сенат решил отозвать Ганнибала и Магона из Италии, чтобы после их возвращения в Карфаген отвергнуть или принять предложенные Римом условия мира.

Магон , получив приказание, начал отступать к берегам Лигурии, чтобы уже оттуда отплыть в Африку. Здесь он получил несколько ранений и уже по дороге на родину скончался.