Санчо принял власть в то время, когда Кастилию раздирали смуты и вражда партий. Отец лишил Санчо престола и объявил перед смертью своим наследником внука Фернандо де ла Серда. Санчо пришлось вести войну с племянником и родным братом Хуаном, получившим после смерти Альфонса X Севилью и Бадахос. Король для удержания власти должен был обратиться к суровым мерам. Во время заседания кортесов в 1288 г. он приказал арестовать Хуана и убить его тестя Лопе де Аро. В Бадахосе он велел перебить 4000 сторонников рода Серда и 400 в Талавере. Но даже такими жестокостями Санчо не погасил смуту. Инфант Фернандо продолжал войну с дядей, имея на своей стороне немало сторонников. С другой стороны, едва дон Хуан получил свободу, он вновь восстал против брата и призвал на помощь марокканских мавров. Война эта сопровождалась новыми свирепостями и опустошениями. Только в 1294 г. Санчо удалось разбить на суше и на море властителя Марокко и рассеять его эскадру. Таким образом, он навел в стране некоторый порядок, но, к несчастью, умер вскоре после этого, оставив престол девятилетнему сыну Фердинанду.