При жизни отца был жрецом в Карнакском храме и не считался наследником, поскольку согласно практике начала XVIII династии наследником Тутмоса II должен был стать муж его дочери от Хатшепсут Нефрура по достижении ею брачного возраста. Однако Тутмос II умер молодым, когда его дочь была еще младенцем. Наследником был провозглашен Тутмос III; сомнения в его правах на власть как сына наложницы были устранены фиванскими жрецами бога Амона-Ра с помощью оракула. Вступив на престол после смерти отца в 1479 г. до н. э., через год Тутмос был фактически отстранен от власти ставшей его соправительницей Хатшепсут. При жизни Хатшепсут Тутмос III стоял во главе египетской армии и проявил себя способным полководцем, совершив успешные походы на Синай, в Нубию и Палестину. Став около 1458 г. до н. э. единовластным правителем, он стремился стереть память о предшествующем царствовании, повсеместно уничтожая имена и изображения Хатшепсут (не трогая главного памятника ее времени — заупокойного храма царицы в Дейр-эль-Бахри).

Стремясь восстановить контроль Египта над азиатскими владениями, Тутмос III в 1458 г. до н. э. начал кампанию в Азии, подробно описанную в летописи его царствования. Быстрым, за 21 день, маршем войска Тутмоса III преодолели расстояние от востока дельты Нила до города Мегиддо в Северной Палестине, у которого были сосредоточены главные силы враждебной Египту коалиции. После семимесячной осады и сдачи Мегиддо лидеры коалиции признали гегемонию Египта в Сирии-Палестине.

В дальнейшем, с 1455 по 1437 гг . до н. э. Тутмос III совершил не менее 15 походов в Сирию-Палестину. В 1448 г. до н. э. очередной поход привел к прямому столкновению Египта с государством Митанни: перейдя через реку Евфрат, Тутмос III опустошил западную часть этого государства. В 1445 г. до н. э. войска Митанни были разбиты в Северной Сирии. Границей сфер влияния двух «сверхдержав» Передней Азии стал Евфрат, что явилось максимальным в истории Египта расширением его владений в Азии.

Действия Тутмоса III в Нубии ограничивались легкими карательными экспедициями. Южным рубежом Египта был район четвертого порога Пила.

Строительная деятельность Тутмоса III велась по всему Египту и в его владениях в Азии и Нубии. Наиболее известен храм в честь празднества тридцатилетия правления фараона, на стенах которого высечена его летопись (Анналы Тутмоса III), и другие постройки в Карнаке.