Старший из двоих сыновей удельного волоцкого князя Бориса Васильевича. В 1497 г. совместно с братом Иваном бил челом великому князю московскому Ивану III Васильевичу14621505, чтобы тот взял доставшиеся им по наследству от бабки (Марии Голтяевой) московские и тверские деревни и села. За это Борисовичи получили с. Буйгород и Колпь.

В 1500 г., во время войны Москвы с Литвой, Фёдор Борисович и Иван командовали великокняжеской ратью, которая, разбив литовцев возле р. Ловать, взяли г. Торопец.

В 1502 г. Фёдор Борисович участвовал в походе московских войск к Смоленску, закончившемся неудачно. Вначале поддерживал хорошие отношения с Иосифом Волоцким, но в 1503– 1504 гг. между ними началось охлаждение, видимо, из-за сближения Иосифа с великим князем. После смерти матери князя и его брата (ноябрь 1503 г.) благодаря Иосифу Волоцкому удел брата перешел к Ивану III. Это вызвало крайнее неудовольствие Фёдора Борисовича , рассчитывавшего на увеличение своих капиталов и земель за счет наследства брата, и волоколамский игумен уже скоро почувствовал неприязнь волоцкого князя. Особенно он возмущался, что Фёдор Борисович «почал грабити монастыри свои все». Кроме того, князь систематически «грабил» горожан, особенно зажиточных торговых людей. Он, например, забрал себе все деньги у вдовы некоего Прони, который был «на Волоце человек добр торговой». Прослышав о богатстве детей и внучат Н. Собакина, Фёдор Борисович «держал их в железех да мучил месяца со два», в результате чего получил 30 руб. и 500 четвертей хлеба. Еще более трагичной была судьба торгового человека Б. Горохова изо Ржевы. Этот «доброй человек», по словам Иосифа, «могл не за одну тысячю рублев». Отец князя до своей смерти «жаловал его», а Фёдор Борисович сразу же после того, как получил Волоцкий удел, взыскал с Горохова 1200 руб., отдал его на поруки и продолжал «грабить» ежегодно, пока тот не умер. Это были не единичные случаи, а регулярно производившееся изъятие денег. «А у городцкых людей велит клети обыскивати, да у которых денег нет, и он велит жита имати, а у кого скажут денги, и но велит пытати». Так, некоего Лапшу, который был зажиточен, четырежды пытали, чтобы получить с него деньги. Когда князь велел сжечь старца Фофана из Возмицкого монастыря с сыном, у которого нашли 60 руб. и подозревали в сокрытии еще большего капитала, «не осталося в городе никакова человека... который бы не плакал, видевши такову муку и смерть страшну неповинных людей». Фёдор Борисович применял систему поручительства за богатых горожан, которые должны были регулярно давать ему деньги. Но это не помогало. Началось бегство из городов Волоцкого удела. В самом Волоколамске запустело до 270 дворов. Своеобразной данью были обложены и жители Ржевы Пустой. Наряду с горожанами жестокой эксплуатации подвергались и крестьяне: «християн почел грабите городских и сельскых, как почял княжити, не точию богатых, но и убогых». Так, узнав, что в поместье Судака живет богатый крестьянин, Фёдор Борисович велел пытать этого крестьянина, и только бегство в Щапкову слободу спасло его.

Сразу же после смерти брата Фёдор Борисович начинает вести совершенно непримиримую политику по отношению к Волоцкому монастырю, направленному на подрыв его материальной базы. Это объяснялось стремлением строптивого князя укрепить свои экономические и политические позиции в Волоцком уделе. Фёдор Борисович не только отбирал зачастую имущество, с которым постригались в монастырь его бояре, слуги, но и выкупал имущество вкладчиков за половинную цену, отбирал у старцев ценные иконы, книги и т. д. Об отдаче долгов, конечно, не могло быть и речи. Когда Иосиф прислал к князю старца Герасима Черного с напоминанием об этом, разгневанный Фёдор Борисович грозился избить его кнутом. Угрозы следовали одна за другой. Он требовал, чтобы монахи монастыря держали специально для него меды вместо квасов и регулярно делали ему подарки. Разорвав отношения с Иосифом Волоцким, князь приблизил к себе настоятеля древнего Волоцкого Возмицкого монастыря архимандрита Алексея Пильемова. Возмицкий монастырь становится придворной обителью волоцкого князя, а Алексей Пильемов — его верным соратником в борьбе с Иосифом. Фёдор Борисович по совету Пильемова внушает монахам Волоцкого монастыря мысль покинуть Иосифа и перейти «на Возмище». Пропаганда подействовала: 10 монахов решили перейти в более спокойную обитель. Трое из них бежали со всем своим имуществом, один был пойман в дороге. Когда Иосиф обратился к Пильемову с просьбой вернуть монастырское имущество, то получил отказ. Фёдор Борисович пытался изгнать самого Иосифа из его монастыря, и тогда игумен прибег к заступничеству великого князя Василия III Ивановича14971533, который и взял монастырь под свое покровительство в конце зимы 1507 г. Отношения между Василием III и Фёдором Борисовичем были весьма натянутыми.

В 1506 г. Фёдор Борисович участвовал в неудачном походе великого князя на Казань.

В 1512 г. командовал сторожевым полком в Смоленском походе. Умер в мае 1513 г. и был похоронен в Иосифо-Волоцком монастыре.