Наследовал престол в 4-месячном возрасте. Опекуном его стал его дядя, король Гунтрамн56192. Управление государством забрала в свои руки знать, не допускавшая вмешательства Гунтрамна. Когда умер Гунтрамна, и все его земли получил Хильдеберт II57595(96) и 59295(96) , в руках последнего было все франкское королевство, исключая ту область, которая первоначально была выделена Хильперику, а затем перешла к Xлотарю . Хильдеберт сделал попытку захватить земли Xлотаря , но потерпел поражение. Вскоре в 596 г. он умер, и его королевство разделилось между его двумя сыновьями, Теодебертом II и Теодорихом II, опекуншей которых была Брунгильда. Фредегонда напала на Брунгильду и ее внуков и захватила Париж, но в следующем году умерла.

В 600 г. соединенные силы Австразии и Бургундии победили Xлотаря при Дормелле. Xлотарь потерял значительную часть своих владений: в его руках осталась лишь небольшая территория по правому берегу Сены, от Уазы до моря. Он попытался захватить несколько городов между Сеной и Луарой, но был разбит при Этампе. Положение Xлотаря было критическое; но Теодеберт рассорился с Брунгильдой и в 612 г., по ее приказу, был убит, а вскоре умер и Теодорих. Австразийская знать, постоянно враждовавшая с Брунгильдой, призвала в Австразию Хлотаря. Руководителями этого заговора были Пипин I и Арнульф, ставший потом епископом мецским. Xлотарь убил двух сыновей Теодориха, захватил Брунгильду, предал ее жестокой смерти и объединил в своих руках все франкское королевство в 613 г.

Единовластие Хлотаря было куплено дорогой ценой: обязанный властью духовной и светской служилой и землевладельческой знати, Xлотарь должен был стать ее послушным орудием и действовать в ее интересах. В 614 г. Xлотарь созвал духовный собор в Париже, и тогда же при участии светских вельмож был издан эдикт Xлотаря II . Некоторые ученые приписывают Xлотарю II также «конституцию Xлотаря», которую другие относят к Xлотарю I55861. Статьи выпущенного эдикта, касающиеся церкви, дают силу закона постановлениям парижского церковного собора. Эдикт признает, с некоторыми ограничениями, свободу церковных выборов, запрещает духовным отдаваться под защиту светских лиц, не исключая самого короля, требует для духовных епископского или смешанного суда и т. д. Светские статьи эдикта заключают ряд уступок в пользу народа и, особенно, знати со стороны королевской власти. Запрещается осуждение на смерть без выслушивания обвиняемого, если только преступник не схвачен на месте преступления. Судьи и графы должны назначаться лишь из числа лиц, живущих в данной местности и имеющих в ней собственность, что должно было отдать эти должности в руки землевладельческой знати и повести к наследственности их. Король обещает не нарушать своими грамотами законных прав, не принуждать вдов или девушек к браку без их согласия; отменяются вновь установленные налоги; запрещается пасти королевских свиней в лесах церкви и частных лиц без позволения владельцев; подтверждаются все ранее состоявшиеся пожалования; законным владельцам возвращаются имения, потерянные ими во время смут. Фюстель де Куланж ("La monarchie franque", П., 1888) отказывается видеть в этих статьях вынужденные уступки со стороны королевской власти, но едва ли можно согласиться с его взглядом. И другие, известные нам события царствования Xлотаря указывают на руководящую роль знати в его время. В 616 г. в Бургундии были собраны собор и placitum, т. е. съезд знати, на котором король удовлетворил «справедливые просьбы» епископов и светской знати.

В 622 г., по желанию австразийцев, Xлотарь II назначил своего сына Дагоберта I королем Австразии, но значительно уменьшил при этом ее пределы. Управление Австразией и руководство воспитанием малолетнего короля было передано Пипину и Арнульфу. Уменьшение территории Австразии вызвало со стороны австразийского правительства протест и ссору между отцом и сыном. Xлотарь , в 625 г., вынужден был возвратить Австразии ее прежние границы, исключая земель за Луарой. По смерти бургундского майордома Варнахара Xлотарь созвал в Труа, в 626 г., собрание бургундской знати и левдов и предложил ему на решение вопрос, желают ли они выбрать нового майордома для Бургундии. Собрание отклонило это предложение. В 627 г. Xлотарь созвал собрание нейстрийцев и бургундцев в Клиши, около Парижа, для совещания «о пользе короля и благе отечества». В следующем году Xлотарь II умер.