Формально стал царём, когда ему исполнилось 11 лет. Спустя 10 лет уже стал видной фигурой в политической жизни античного мира. Митридату VI Евпатру досталось в наследство небольшое захолустное царство Понт на северном побережье Малой Азии. Энергичный царь сумел подчинить себе обширные области в Малой Азии, на Кавказе и в Причерноморье, его царство стало первостепенной силой на эллинистическом Востоке, а сам он превратился в главного врага и опасного соперника Рима. В какой-то момент в руках Митридата VI Евпатра оказались не только Малая Азия и Причерноморье, но и вся Греция, о-ва Эгейского моря и другие области Восточного Средиземноморья.

Человек неуемного властолюбия и огромной энергии, умный, жестокий и хитрый, искусный дипломат, владевший более чем 20 языками, и талантливый военачальник, Митридат VI Евпатр соединял в себе эллинскую образованность и восточную деспотичность. Он упорно шёл к своей цели, всеми средствами расширяя свои владения. Уже в самом начале своего правления завоевал Колхиду, а затем предпринял несколько походов в Северное Причерноморье, где его полководцы Диофанткон. II в. до н.э. и Неоптолем разгромили скифов и тавров, подавили возглавленное Савмаком восстание боспорских рабов и утвердили власть Митридата VI Евпатра над Боспором, Херсонесом и Ольвией. Встревоженные успехами понтийского царя римляне вынудили своего ставленника в Вифинии Никомеда III открыть военные действия против Митридата (первая его война с Римом в 89– 84 гг . до н. э.).

Первоначально успешная для него война кончилась поражением Митридата . Вторая война с Римом была спровоцирована римским полководцем Л. Лицинием Муреной и кончилась поражением последнего. Третья война Митридата с Римом в 74– 63 гг . до н. э. окончилась поражением Митридата , который вынужден был бежать с небольшим отрядом в Колхиду, оттуда — на Боспор, где стал усиленно готовиться к продолжению борьбы с Римом. Северное Причерноморье было призвано сыграть значительную роль в этой борьбе. Отсюда и раньше поступали продукты питания и сырье для понтийских войск.

Страбон рассказывает, что Митридат VI Евпатр ежегодно получал с Боспора в виде дани ок. полумиллиона пудов зернового хлеба и большие суммы денег. Несомненно, Боспор поставлял для нужд понтийской армии рыбу, кожи, скот и т. д. Но еще важнее для Митридата была возможность использовать людские ресурсы Северного Причерноморья, прежде всего его местных племен. Известно, что в войсках Митридата против римлян сражались скифы, тавры, сарматы, фракийцы, меоты. Варварские племена Причерноморья становятся союзниками понтийского царя, и в своей политике последний ориентируется главным образом на них, а не на греческие города. Это вызвало резкое недовольство рабовладельческой верхушки городов Северного Причерноморья, тем более что затяжные войны против римлян подрывали внешнюю торговлю, а все увеличивающиеся поборы и налоги приводили в расстройство хозяйственную жизнь городов. Чем больше затягивалась борьба, тем ярче проявлялись на Боспоре и в других подвластных Митридату городах антипонтийские настроения. Они особенно усилились к конце этой борьбы, когда римский флот стал господствующим в Чёрном море и смог осуществить жестокую блокаду черноморских портов, что вызвало почти полный застой торговли.

Римский полководец Гней Помпей10648 гг. до н.э. со своей армией вторгся в Закавказье, намереваясь пройти через Кавказ к Боспору. Однако упорное сопротивление закавказских племен, начавших против римлян партизанскую борьбу, заставило Помпея отказаться от своего плана и вернуться назад, ограничившись лишь морской блокадой Боспора.

Митридат , вновь укрепившись на Боспоре, не переставал думать о продолжении войны с Римом. У него возник грандиозный план военного похода в Италию через степи Северного Причерноморья, через придунайские римские провинции и через Альпы. Для осуществления этого плана ему необходимо было укрепить свои связи с вождями причерноморских племен. Он заключил союзные договоры со многими местными племенами и для скрепления этих союзов предложил своих дочерей в жены некоторым вождям племен.

Укрепление связей Митридата с варварскими племенами все более обостряло отношения между ним и боспорскими городами, у которых и без того было достаточно поводов тяготиться правлением понтийского царя. И вот, в 63 г. до н. э. в одном из крупнейших городов Боспора — Фанагории вспыхнуло восстание горожан против власти Митридата . Восставшие под руководством некоего Кастора осадили и подожгли акрополь, где находились сыновья царя. Те, спасаясь от огня, сдались в плен. К этому восстанию тотчас же примкнули другие города — Нимфей, Феодосия, Херсонес. Одновременно в войсках Митридата против него возник заговор, во главе которого встал его сын Фарнак.

Митридат оказался запертым в своем дворце, в акрополе ПантикапеяVI в. до н.э., на горе, которая ныне носит его имя. Не желая попасть в плен к восставшим и быть выданным римлянам, старый понтийский царь попытался покончить жизнь самоубийством, но его закаленный еще с детства противоядиями организм не поддался действию яда, попытка заколоться мечом тоже не удалась. Тогда Митридат попросил находившегося при нем начальника одного из отрядов помочь ему умереть, и тот умертвил своего властелина. Фарнак отослал Помпею тело своего отца, и в Риме, по предложению Цицерона, были устроены 10-дневные празднества и игры по случаю смерти злейшего врага империи.