По древним сведениям, он был полководцем у ассирийского царя Сарака, но, будучи послан для усмирения восстания в Вавилонии, отложился в 626 г . до н. э. от Ассирии и, заключив союз с мидянами, вскоре принял титул царя Шумера и Аккада и царя Кишшата, воссоздав фактически Вавилонское царство. Оно получило в науке название Нововавилонского или Халдейского (626– 538 гг . до н. э.).

Предпринял завоевание области Харран в Месопотамии, однако был отражен ассирийцами, агенты которых вызвали волнения в самой Вавилонии. В 612 г. до н. э. в союзе с царем мидян Киаксером Набопаласару удалось покончить с Ниневией. Война с остатками ассирийских войск и их египетским союзником фараоном Нехо II610595 гг. до н.э. продолжалась до 605 г. до н. э.

Из-за своей болезни Набопаласар отправил вместо себя своего сына Навуходоносора, которому удалось разгромить египтян в битве при Кархемише. Власть Набопаласара и его преемников уже не была деспотической, поскольку во многом нововавилонские цари зависели от всесильного жречества и торгово-рабовладельческих кругов.