В 52 г. до н. э. на его дочери Корнелии женился Гней Помпей. В 49 г. до н. э. выдвинул предложение, чтобы Цезарь распустил свое войско или был объявлен врагом республики. Это предложение послужило поводом к гражданской войне.

Еще до ее начала Метеллу было поручено сенатом управление Сирией, которую он сумел быстро разграбить, после чего провозгласил себя императором.

Призванный на помощь Помпеем, он в лагере перед битвой при Фарсале48 г. до н.э. поссорился с товарищами из-за предполагаемой добычи.

В битве при Фарсале48 г. до н.э.Метелл командовал центром войск Помпея и после неудачного сражения бежал в Африку, где Катон едва смог удержать его от разрушения города Утики, который Метелл стал подозревать в сочувствии Цезарю.

Вопреки совету Катона Метелл преждевременно решился на сражение с Цезарем и был наголову разбит им в бою при Тапсе. С небольшим флотом Метелл пытался бежать, но ветер пригнал его корабль к берегу, занятому войсками Цезаря, и Метелл в отчаянии бросился в море.