Родственник дома Комнинов1081 после 1185 по женской линии, при Андронике I118285 был подвергнут опале, однако сумел освободиться при аресте и нашел убежище в храме Святой Софии. Вскоре на волне всеобщего осуждения императорской политики был провозглашен самодержцем.

Годы его правления отмечены нарастающим процессом распада империи, из-под власти которой в течение десяти лет вышли Болгария (1186– 87 гг.) и Сербия ( 1190 г.). Многолетние походы императора против восставших болгар не увенчались успехом. Лучшие полководцы империи — Алексей Врана?1186(1187) , победитель норманнов в 1185, и Константин Ангел — погибли, участвуя в мятежах против Исаака II . Внутренние смуты были усугублены обстоятельствами III Крестового похода118992.

Хотя византийскому правительству пришлось обещать содействие крестоносцам, император не скрывал своего враждебного отношения к ним. Летом 1189 г. он заключил союз с султаном Саладином1169(1171)93, главным врагом латинян. Отношения между Исааком II и одним из предводителей похода, германским императором Фридрихом I Барбароссой115290, особенно обострились после того, как последний вступил в переговоры с мятежными сербами и болгарами; во Фракии, по сути, началась не объявленная война между немцами и византийцами. При германском дворе вынашивались замыслы нападения на Константинополь. Оказавшись в тяжелом положении, Исаак II в 1190 г. подписал новое соглашение с Фридрихом I, содержавшее дополнительные уступки германцам.

Во время очередного похода против болгар император был низложен и ослеплен; трон занял его старший брат Алексей III Ангел (1195– 1203 гг.). Поскольку семейство Исаака было связано брачными узами с владетельными домами Запада, это давало повод для вмешательства последних в византийские дела. В 1202 г. сын и наследник Исаака II , царевич Алексей, обратился с просьбой о помощи к германскому императору Филиппу, женатому на его родной сестре Ирине, дочери Исаака. Предводители IV Крестового похода1195кон. 1204 1202– 04 гг. на условиях денежной выплаты приняли на себя обязательство изгнать узурпатора.

После бегства Алексея III из осажденного крестоносцами Константинополя 18 июля 1203 г. Исаак II был восстановлен на престоле; вторично правил вместе со своим сыном Алексеем IV (1203– 04 г.). Невозможность расплатиться с крестоносцами за содействие в возвращении на трон вызвала антилатинскую реакцию среди населения столицы. Алексей IV был свергнут и убит заговорщиками, среди которых главную роль играли приближенные его дяди-узурпатора, а Исаак II умер от потрясений за четыре дня до штурма Константинополя120304 крестоносцами.