Была основана Ёритомо Минамото118599, возглавлявшим группировку военных феодалов восточных районов страны, после победы Ёритомо Минамото над военными феодалами ( буси ) Юго-Западной Японии во главе с Тайра Киёмори. Время нахождения у власти дома Минамото именуется в японской историографии периодом Камакура дзидай .

Всего было 9 сёгунов Минамото , из них только один (Ёритомо) имел фактически власть, трое (Ёритомо, Ёринэ, Санэтомо) принадлежали к основной ветви Минамото . С начала XIII в. власть оказалась в руках родственного Минамото дома Ходзё, который был представлен 16 всесильными регентами ( сиккэнами ). С 1226 г. регенты на посты сёгунов стали сажать детей (5–8 лет) из родственного Минамото аристократического рода Фудзиварасер. VII; с 1252 г. на этом посту сменилось 4 принца (родственных Минамото по материнской линии).

Создание сёгуната Минамото означало возвышение военно-феодального сословия в противовес старой аристократии во главе с императором, значительная часть земель которых была роздана Ёритомо Минамото своим сторонникам в качестве ленов. Однако императорская власть не была ликвидирована, сёгуны и регенты номинально действовали от лица императора. Аристократия и двор неоднократно пытались свергнуть сёгунат и вернуть утраченные земли. Особенно крупная попытка была предпринята в 1221 г.

Правительство сёгуната11921867 ( бакуфу ) состояло из трех ведомств (военного, административного и судебного) и специальных чиновников. В районы страны (в Киото, на запад, северо-восток и пр.) посылались наместники, в провинции — вице-губернаторы ( сюго ), а в поместья ( сёэны ) — специальные чиновники ( дзито ) из личных вассалов сёгуната ( гокэнин ). Именно это военно-служилое сословие являлось опорой сёгуната. Минамото в 1232 г. был введен свод законов правителей «Дзёэй сикимоку».

В период сёгуната Минамото начали появляться ремесленные и торговые цехи и гильдии ( дза ), возникали рынки, была введена единая денежная система. В 1297 г. вышел первый указ о ликвидации ростовщической задолженности ( токусэйрё ). В 1333 г. войска юго-западных феодалов во главе с Нитта Ёсисада положили конец сёгунату Минамото .