После битвы при Фарсале48 г. до н.э.Секст сопровождал своего отца в Египет, где стал свидетелем его смерти. После битвы при Фапсе в 46 г. до н. э. Секст Помпей отправился в Египет, где служил под командой своего старшего брата Гнея Помпея.

После битвы при Мунде и гибели своего брата Секст Помпей начал корсарскую войну с легатами Цезаря102(100)44 гг. до н.э..

После смерти Цезаря Помпею удалось встать во главе флота, с помощью которого он занял значительную часть Испании и Сицилию. Когда члены второго триумвирата объявили его врагом отечества, Помпей , воспользовавшись сицилийскими гаванями, стал захватывать корабли, перевозившие в Италию хлеб.

После Брундизийского договора 40 г. до н. э. Октавиан27 г. до н.э.14 г. н.э. и Антонийок. 8330 гг. до н.э., обеспокоенные волнениями, происходящими из-за голода в Риме, решились хотя бы для вида примириться с Помпеем , заключив с ним договор, согласно которому он обязался не мешать морской торговле и не принимать дезертиров и беглых рабов и ежегодно присылать из Сицилии, предоставленной под его управление вместе с Корсикой, Сардинией и Ахайей, определенное количество хлеба.

Однако вскоре Антоний нарушил Брундизийский договор, отказавшись отдать принадлежавшую Помпею Ахайю. Это привело к тому, что Помпей вновь стал занимать некоторые из приморских городов Италии, возобновил пиратские набеги и снова начал принимать на свои корабли дезертиров.

Помпей вновь начал перехватывать хлебные транспорты и опять привел Рим к голоду. Все это вынудило Октавиана отправиться против Помпея . Но флот Октавиана был слабее флота Помпея , а помощи со стороны Антония и Лепидаок. 8913(12)  гг. до н.э. он так и не получил. Это привело к поражению Октавиана, однако Помпей не сумел воспользоваться удачным моментом и дал Октавиану возможность собраться с новыми силами.

В 37 г. до н. э. был подготовлен новый флот под командованием Агриппы, и примирившийся с Октавианом Антоний выделил для него 120 кораблей. Октавиан сумел нанести поражение флоту Помпея между Милами и Тиндаридой и вынудил его отойти к Тавромению. Однако здесь Помпею вновь удалось нанести поражение флоту Октавиана и снова задержать отправку продовольствия в Италию.

Это вынудило триумвират сосредоточить в Сицилии все римские легионы под командованием Агриппы64(63)12 гг. до н.э., Октавиана и Лепида. Сюда же к Мильскому мысу подошли и оба флота.

В 36 г. до н. э. произошло морское сражение при Навлохе. Победа была одержана Октавианом, и Помпей на уцелевших кораблях отплыл вместе со своей дочерью и сокровищами на восток. Там он надеялся найти помощь у Антония, однако тот давно подозревал его в оказании помощи парфянам и теперь решил не выпускать Помпея из Милета. Здесь Помпей кончил свою жизнь от руки одного из легатов Антония.

Победа над младшим сыном Помпея Великого развязала руки Октавиану и ускорила его триумфальный въезд в Рим.