После смерти последнего боролся за престол со старшим братом Али-ханом, но проиграл и вынужден был бежать в Россию, получив от великого князя московского Ивана III Васильевича14621505 в кормление Каширу. Он сидел там до 1486 г., когда великий князь взял Казань, а Али-хана отправили в ссылку в Вологду. На престоле в Казани сел Мухаммед-Эмин — подручник русского государя. Местные мурзы и вельможи стали выказывать недовольство такой зависимостью и начали тайно сноситься с Шейбанидом Мамукой, а затем скинули Мухаммед-Эмина и посадили на ханство Мамука. Алчность и жестокость последнего послужили вскоре причиной его изгнания из пределов ханства. Мурзы и бики Казани прислали в Москву посольство с просьбой посадить к ним ханом младшего сына Ибрагима — Абдул-Латифа. Великий князь согласился и пообещал, что Казань навсегда останется собственностью рода Ибрагима.

Мухаммед-Эмин остался в России, получив к Кашире еще и Серпухов с Хотунью. Там надолго запомнились его корыстолюбие и жестокость. В январе 1502 г. в результате переговоров Ивана III с казанской знатью Мухаммед-Эмин вновь оказался на казанском престоле, а его брат Абдул-Латиф был сведен с престола и отправлен в заточение на Белоозеро. После смерти брата Али-хана он, с разрешения русского государя, женился на его вдове, находившейся в Вологде. Она убедила его отложиться от России.

Весной 1505 г. Мухаммед-Эмин прислал к Ивану III «князя городного» Шаинсифа с грамотой «о некоих делах». В ответ на это великий князь направил в Казань своего посла, сокольничего М. С. Еропкина-Кляпика, с наказом, «чтоб он тем речей всем не потакал». Речь, видимо, шла о том, что хан был недоволен московской политикой в Казани, а Иван III решил продолжать свою твердую линию, чтобы казанские ханы не проявляли и признака самостоятельности во внешнеполитических делах, иначе это могло привести к быстрому созданию анти-московского союза Крыма, Литвы, ногайцев и Казани. В результате в конце июня 1505 г., во время Казанской ярмарки, Мухаммед-Эмин велел схватить и бросить в тюрьму Еропкина и часть великокняжеских торговых людей. Многих поубивали, других ограбили и продали «в Ногаи». Постниковский летописец сообщает по этому поводу: «Крови крестьянский пролиял безчисленно, было много людей изо всех городов Московского государства, а такова крестьянская кровь не бывала, как и Казань стояла». Тех, кому удалось бежать на Волгу, перебила «черемиса». По некоторым данным, казанский хан «иссече в Казани многих гостей русских, болши 15 тысячи, из многих городов и товару безчисленно взя». После этого Мухаммед-Эмин двинул свои отряды и союзных ногайцев на Русь.

Весть о том, что Мухаммед-Эмин собирается перейти Волгу и идти к Нижнему Новгороду и Мурому, достигла Москвы в августе. Тогда же в Муром был послан полк во главе с воеводой князем И. И. Горбатым-Шуйским. В начале сентября великий князь получил известие о том, что 30 августа Мухаммед-Эмин перешел Волгу в 150 верстах от Нижнего. Тогда в Муром послали полки под командой знаменитого воеводы князя В. Д. Холмского?1524, с которым шла и татарская конница во главе со служилыми касимовскими царевичами Сатылганом?1506(1508) и Джанаем?ок. 1512. На этот раз дело для Москвы кончилось сравнительно благополучно. В то время как русская рать двигалась к Нижнему Новгороду, казанское войско после 3-дневной осады этого города пожгло посады и отступило, поскольку воевода И. В. Образцов-Симский-Хабар и пленные литовские «огненные стрельцы», находившиеся в гарнизоне города, сумели организовать отпор и нанести врагу большой урон. Тогда же был убит ногайский мурза, шурин Мухаммед-Эмина . Между ногайцами и казанцами вспыхнула распря, и Мухаммед-Эмин счел за благо ретироваться. Подошедшие к Новгороду русские воеводы промедлили (вероятнее всего, из-за местнических споров), к тому же в Москве в это время скончался Иван Великий, поэтому казанцы без урона вернулись восвояси.

Сразу же после вступления на престол Василия III Ивановича14971533Мухаммед-Эмин официально провозгласил разрыв отношений с Москвой. «Аз,— писал он,— есми целовал роту за князя великого Дмитрея Ивановича, за внука великого князя, братство и любовь имети до дня живота нашего, и не хочю быти за великим князем Васильем Ивановичем. Велики князь Василий изменил братаничю своему великому князю Дмитрею, поймал его через крестное целованье. А яз, Магмет Амин, казанский царь, не реке я быти за великим князем Васильем Ивановичем, ни роты есми пил, ни быти с ним не хощу». Василий III решил наказать взбунтовавшегося подручника, и в апреле 1506 г. начался тщательно готовившийся Казанский поход. Для участия в нем были привлечены не только конные ратники-дворяне, но и вспомогательное войско — посошная рать, набиравшаяся с Чёрных земель. Номинально возглавлять русские полки должны были удельный князь углицкий Дмитрий Иванович Жилка14811521 и удельный князь волоцкий Федор Борисович?1513, командовали же войском великокняжеские воеводы (князь Ф. И. Бельский и др.) и воеводы удельного князя дмитровского Юрия Ивановича14801536. Основная часть русских войск двинулась по Волге на судах, но одновременно с ней по берегу направилась конная рать воеводы князя А. В. Ростовского?1522(1523) . В конце мая судовая рать была уже под Казанью. Еще до прибытия полков князя Ростовского татары, пользуясь небрежением русских воевод, разбили войско князя Дмитрия Жилки, а многих воинов потопили в Поганом озере. Как только в начале июня весть об этом достигла Москвы, под Казань отправилось подкрепление во главе с воеводой князем В. Д. Холмским, а также отряды Сатылгана и Джаная. Одновременно стоявшим под Казанью воеводам был дан строгий наказ не начинать осаду города до прибытия полков князя Холмского. Однако воеводы после подхода в конце июня войска Ростовского решили все-таки начать штурм Казани. Причем «на первом ступе [приступе] царь побежал, пометав весь живот, и москвичи учали грабити, и царь их многых тут побил, а иные в реце истопли». В конце концов, воеводы «граду не успеша же ничтоже, но сами побеждени быша от татар».

Официальные русские источники сообщают о разгроме своего войска. Были убиты воеводы князья М. Ф. Курбский и Ф. И. Палецкий Большой, а также Д. В. Шеин, взятый ранее в плен казанцами. По одной версии, русские потеряли ок. 50 тыс. чел., по другим данным, — из 100 тыс. чел. осталось всего лишь 7 тыс. воинов. Князь Дмитрий Жилка отступил к Нижнему Новгороду. За отрядами царевича Сатылгана и воеводы Ф. М. Киселева Мухаммед-Эмин послал погоню, но за 40 верст от р. Сура она была разбита. Сам Мухаммед-Эмин понимал временный характер своих успехов и стремился только к тому, чтобы добиться сохранения завоеванных позиций и не помышлял о дальнейшем развитии успехов. В марте 1507 г. в Москву прибыло посольство от Мухаммед-Эмина , предлагавшего Василию III мир. Великий князь условием мирных отношений поставил освобождёние своего посла М. Еропкина-Кляпика. После его возвращения на родину в сентябре в Казань направилось большое посольство во главе с окольничим И. Г. Поплевиным-Морозовым, которое должно было привести к присяге Мухаммед-Эмина . Посольство успешно выполнило свою миссию и в январе 1508 г. вернулось в Москву.

В 1518 г., после продолжительной болезни, чувствую близкий конец, хан прислал в Москву посольство с просьбой о присылке в Казань нового хана и русских воевод. Мухаммед-Эмин умер в декабре того же года, не оставив потомства. Болел он тяжело и долго: согласно «Казанской истории», его «порази бог язвою неисцелимою от главы до ногу, и люте боляше, три лета на одре лежаше, весь кипя гноем и червьми, и врачеве же и волхвы его не возмогоша от язвы тоя исцелити его». На престол в Казани сел московский ставленник Шейх-Али.